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Genome@home
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CrashSound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 11:49    Sujet du message: Genome@home Répondre en citant

Je viens rectifier un peu le tire sur la d?finition et sur les ambitions du projet auquel vous apportez votre puissance de calcul. souce:www.genomeathome.fr.st
"l'?quipe de Genome@Home recherche des nouveaux g?nes (encore inconnus) codant des prot?ines op?rationnelles", certe, mais o? ces g?nes sont-ils tir?s? De tous les autres g?nomes du vivants y compris les virus(distinction puisque le virus n'est pas "vivant") ! Donc, et malgr? le temps consid?rable qu'il a fallu pour d?cripter partiellement notre genome(? 99.9% puisque le reste fait de nous des hommes uniques), ce projet ? l'intention de continuer avec toutes les esp?ces possibles dans le seul but de les comparer... Donc, le projet vise ? collecter un maximum de donn?es sur les g?nes sans savoir ? quoi ceux ci peuvent bien servir! Le projet folding@home me semble plus solide car il est bas? sur l'homme uniquement et sur des maladies concr?tes (Creutzfeldt-Jakod, Parkinson, Alzheimer....) car il ?tudie la configuration spatialle des prot?ines (compos?es d'acide amin? ? l'origine de l'expression des g?nes). Conclusion, bien que fond? sur un projet audacieux, g@h servira moins rapidement ? l'humanit? que f@h!
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Crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 13:02    Sujet du message: Répondre en citant

J'ai mis cette remarque dans G?n?ral car dans genome@home vous ?tes plus int?ress? ? griller les autres ?quipes qu'au projet lui m?me. Au fait les SF, si vous cherchez un biotechnicien...
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Guitare^SF



Inscrit le: 22 Mar 2003
Messages: 334
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MessagePosté le: 10 Mai 2003 13:43    Sujet du message: Répondre en citant

hum ...

Deja moi je participe ? ce projet surtout pour la "compet" Clin d'oeil et je me dis que si ca peut aider des gens, tant mieux ...

Ensuite en gros tu penses qu'on gache un peu nos calculs ? ... hum bah c'est vrai que ca donne ? reflechir. Je veux bien qu'on change de projet si tout le monde est ok ... (faudrait motiver les russes pour qu'ils nous suivent Clin d'oeil)
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? JPEG Decoder est un petit programme permettant de d?crypter des images prot?g?es,
Que l'on peut par exemple trouver sur certains CD vendus avec des magazines. ?
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Fremen^SF
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Inscrit le: 21 Mar 2003
Messages: 846
Localisation: Versailles

MessagePosté le: 10 Mai 2003 15:47    Sujet du message: Répondre en citant

Bienvenue sur le forum CrashSound !

Bon d?j? tu fais erreur concernant nos motivations par rapport ? Genome@Home ; nous avons commenc? en Janvier 2002 ? participer au projet, non pas dans l'esp?rance d'avancer dans le classement mais parce que ce projet nous paraissait plus utile ? l'humanit? que d'autres tel que Seti (qui pourtant compte bien plus de membres, dix fois plus ?) ou des projets visants ? casser des cl?s de cryptage.
Ensuite une fois que ton PC tourne depuis plus d'une ann?e, c'est une cons?quence que de s'occuper du classement : nous n'avons pas le niveau n?cessaire en biologie pour comprendre l'avancement de la recherche et puis les classements sont aussi l? pour le fun. Clin d'oeil

Bref, ce que je veux dire, c'est que nous participons (?a n'engage que moi remarque) pour les deux : ils arr?teraient de faire un classement je continuerai, ?a montre que j'attache aussi de l'importance au projet, et dans un autre sens il n'y aurait pas de classement nous serions peut-?tre moins motiv?s pour calculer davantage.


Pour en revenir ? ta critique, en fait je crois avoir tir? ces informations l? du site officiel (cf. FAQ) :

L'auteur du FAQ de Genome@Home a écrit:
# Try to unravel a fundamental issue in the "protein folding problem" (which itself lies at the heart of a huge amount of modern biomedical research): the fact that thousands of different sequences can all form the same three-dimensional structure.
# Predict the functions of newly discovered genes and protein structures. Modern approaches to structural biology, known as "proteomics" or "structural genomics", often solve protein structures without knowing what the proteins do. Because techniques for function prediction tend to work best with large amounts of sequence data, a virtual library of sequences for a new protein structure will be an invaluable resource.
# Potentially design and make new versions of existing proteins for use in medical therapy.


Tu dis ?tre biotechnicien, alors je ne sais plus qui croire Clin d'oeil
J'attends de voir ta r?ponse, et je d?placerai quand m?me ce sujet dans la partie Genome@Home pour ?viter qu'il soit recouvert par le flood qu'il y a ici Sourire

Sinon pour Folding@Home, ok ?a permet d'avancer plus rapidement vers le concret, mais tout comme la "d?couverte" du g?nome humain, est-ce vraiment inutile ? On ne sait pas ? quoi il sert, mais ? ce que je sache, cela permet de retrouver des g?nes ?quivalents chez des mammif?res proches de nous (des souris par exemple) pour comprendre et tester l'utilit? de certains g?nes. Ne faut-il pas aussi passer par de la recherche "de fond" pour aussi permettre d'avancer dans le concret ?

P.S.: A ce que je sache, on ne cherche pas de biotechnicien mais tu es le bienvenu ici quand m?me. Clin d'oeil
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Derničre édition par Fremen^SF le 10 Mai 2003 16:32; édité 1 fois
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peon



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Messages: 69
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MessagePosté le: 10 Mai 2003 16:10    Sujet du message: Répondre en citant

Fremen philosophe ???

plus serieusement je suis du meme avis:
le classement donne un cote plus ludique a la chose et meme si on en rit je crois que tout le monde s en fout d etre ler premier ou les derniers tant que ca sert a faire avancer la recherche Sourire
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Fremen^SF
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Inscrit le: 21 Mar 2003
Messages: 846
Localisation: Versailles

MessagePosté le: 10 Mai 2003 16:39    Sujet du message: Répondre en citant

Non, moi pas philosophe pour deux sous Peon Mort de rire Mais c'est vrai qu'il vaut mieux r?fl?chir ? l'utilit? d'un truc avant plut?t qu'apr?s ^^

CrashSound : Provenant aussi d'un lien sur le site d'Alliance Francophone (sur la page d'accueil, le "lisez ceci")

Citation:
* fabriquer de nouvelles prot?ines pour la m?decine
* concevoir de nouveaux m?dicaments
* assigner une fonction aux douzaines de nouveaux g?nes s?quenc?s chaque jour (Contrairement ? "Donc, le projet vise ? collecter un maximum de donn?es sur les g?nes sans savoir ? quoi ceux ci peuvent bien servir!" )
* comprendre l'?volution des prot?ines


Bref je doute franchement du fait que ce projet ? l'intention de continuer avec toutes les esp?ces possibles dans le seul but de les comparer

Conclusion, bien que fond? sur un projet audacieux, g@h servira moins rapidement ? l'humanit? que f@h!

Voil? sur ce point on est d'accord. Ou en tout cas je n'en sais rien donc je te fais confiance Sourire N?anmoins je t'invite ? relire une fois le FAQ officiel ou bien la version traduite en fran?ais de chez Alliance Francophone.
Encore une fois ne le prend pas pour une critique, tu as certainement un niveau en bio sup?rieur ? nous tous r?unis (c'est pas tr?s compliqu? non plus Clin d'oeil ), mais je doute que tu as vraiment lu les informations que Pandegroup met ? notre disposition. Apr?s s'ils racontent des sottises, merci de nous expliquer tout ?a Sourire
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crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 17:38    Sujet du message: Répondre en citant

Excusez le temps mis ? la r?ponse mais le travail...c'est le travail. Je suis fort content de l'int?r?t que vous avez tous port? ? ma remarque, et je voulez signaler qu'aucunes critiques n'est ? percevoir dans ma remarque au sujet du classement. Maintenant cher Fremen^SF, tes remarques sont judicieuses mais, certe un peu na?ves. Je ne dis pas avoir tout lu, mais par rapport ? mes connaissances j'ose affirm? que les esp?ces s?quenc?es sont de toute fa?on trop loin d'un mammif?re complexe comme nous pour servir ? court terme car comme tu l'as bien soulign?, c'est bien dans cette dur?e de temps que je vois la biologie! C'est pourquoi je suis r?volt? quand je vois qu'une ?quipe de chercheur s'arr?te au s?quen?age quant il reste toute la traduction (lecture de l'ADN en Acide amin?e) sous pr?texte qu'il manque de fonds ou que c'est trop fastidieux ! Car se sont les prot?ines issues de ces a.a qui font d'un organisme ce qu'il est .De plus, j'ai peur que g@h soit d?riv? de son v?ritable but vers une utilisation du type cl?nage et insertion de g?nes ?trangers, "il ne faut pas jouer ? dieu"! L?, la bio?thique l'interdit...pour le moment.
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crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 17:43    Sujet du message: Répondre en citant

Au fait, je suis tr?s int?ress? par la rpoposition de Fremen^SF de faire partie de votre ?quipe. Promis je ferais des efforts pour apprendre la prog. et promis je lirais plus en profondeur les publications avant d'ouvrir ma grande g..... . Cependant, je contacterais mon prof de biochimie et de g?nie g?n?tique pour ?tre s?r! Au fait, le cousin de speedy^SF,....c'est moi!
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Crashsound, encore lui!
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 17:56    Sujet du message: Répondre en citant

Dans le lien que tu m'a fait parvenir, je peux lire :"am?liorer notre connaissance de la relation intime entre les g?nes et la structure des prot?ines", la v?ritable question que je vous pose car finallement votre niveau en bio n'est pas aussi mauvais (ne vous sous-estimez pas!) est la suivante: en quoi l'?tude du g?nome des autres esp?ces va permettre d'afiner cette connaissance quant on voit les probl?mes que l'on a d?j? avec notre g?nome! Car la rubrique que j'ai lu est tr?s proche de folding@home, dans les but ? atteindre, il y a ?crit : " Essayer de comprendre un probl?me fondamental de "pliage de prot?ines" (qui lui-m?me est au coeur d'un grand nombre de recherches modernes en biochimie) : le fait que des milliers de s?quences diff?rentes peuvent toutes former la m?me structure tridimensionnelle." Or, c'est ce que fait f@h car "a fold" c'est un pli! Savent-ils au moins eux m?me diff?rencier les projets!Pardon encore j'?cris toujours trop!
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Fremen^SF
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Inscrit le: 21 Mar 2003
Messages: 846
Localisation: Versailles

MessagePosté le: 10 Mai 2003 18:18    Sujet du message: Répondre en citant

P.S.: Note que je n'ai pas encore lu ton dernier post, je r?pondais pendant ce temps Clin d'oeil

Je commence par la fin Sourire

Merci de pr?ciser, je ne savais pas que vous ?tiez cousins, ?a fait un petit bout de temps que je n'ai pas caus? avec Speedy donc je n'?tais pas au courant Clin d'oeil

Je pense que tu parlais plut?t de la proposition de Speedy^SF de faire partie du groupe. Je n'?tais m?me pas au courant Mort de rire
Personnellement ?a ne me cause pas de probl?mes, mais le groupe est en stand-by et risque de le rester encore quelques mois (fin d'ann?e scolaire oblige). Donc on risque de ne pas avoir grand chose ? te proposer pour le moment. Apr?s il faudrait qu'on en discute un peu plus en profondeur, pour savoir par exemple ce qui t'int?resserait de faire ou apprendre. Speedy rentre demain soir chez lui et j'imagine qu'il peut te contacter assez facilement, donc on en discutera avec lui pour convenir d'un moment o? nous pourrions discuter ensemble.

Sinon oui ce serait avec plaisir que tu parles du projet G@H ? tes professeurs, car l? tu me (nous ?) mets vraiment le doute Sourire

A part ?a pour en revenir ? la discussion de d?part, il y a quelques d?tails que je ne comprends pas. D?j? quelle est donc la diff?rence entre s?quen?age et traduction ? Je croyais que le s?quen?age est justement trouver la s?quence d'acides amin?s correspondant ? un g?ne donn?, et que la traduction signifie comprendre sous quelle forme un g?ne s'exprime (par exemple en engendrant tel type de prot?ine).

Jusque l?, je voyais dans G@H un projet permettant "d'inventer" de nouvelles s?quences pouvant former les "structures prot?iques" que l'on re?oit lorsqu'on utilise le client. Bref, de la recherche fondamentale par laquelle il faudra de toute fa?on passer pour r?soudre un certain nombre de probl?mes. Il est question de comprendre comment plusieurs s?quences diff?rentes forment la m?me prot?ine, mais aussi de comprendre la fonction des g?nes et des prot?ines gr?ce au grand nombre de calculs que nous apportons en contribuant.

Autrement dit, effectivement sur le court terme ?a n'apportera peut-?tre pas grand chose, et certainement moins que d'autres projets comme F@H ou Find-a-Drug. Mais c'est justement parce que des projets comme G@H attirent moins de monde qu'il faut peut-?tre s'en pr?occuper d'avantage, les gens ?tant plus facilement attir?s vers la recherche concr?te. C'est vrai que l'on n'a pas l'impression que les choses avances avec G@H, mais (si j'ai bien compris le fonctionnement de ce projet) c'est gr?ce ? ce genre de projets que d'autres, plus concrets, sont rendus possibles.
Donc en fait c'est peut-?tre plut?t sur une question subjective que nous ne sommes pas d'accord : faut-il privil?gier le "fondamental" ou le concret ?
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MessagePosté le: 10 Mai 2003 18:29    Sujet du message: Répondre en citant

Non non tu n'?cris pas trop, c'est suffisamment complexe pour ?viter de parler de fa?on floue. Au contraire m?me, c'est l'une des premi?res discussions intellectuelles qu'il y a sur ce forum Mort de rire

Crashsound, encore lui! a écrit:
en quoi l'?tude du g?nome des autres esp?ces va permettre d'afiner cette connaissance quant on voit les probl?mes que l'on a d?j? avec notre g?nome ?


L?, nous sommes d'accord, il n'y a pas de rapport direct avec G@H (?)
Pour r?pondre, je crois que l'int?r?t serait de pouvoir trouver des correspondances entre le g?nome humain et le g?nome d'autre esp?ces pour comprendre la fonction de ces g?nes. L'?thique interdit de faire des exp?riences sur les humains, donc j'imagine que l'objectif est de passer par des esp?ces proches des humains pour effectuer des tests et mieux comprendre leur fonctionnement.

Citation:
Or, c'est ce que fait f@h car "a fold" c'est un pli! Savent-ils au moins eux m?me diff?rencier les projets!


Moi non plus je ne comprends pas tout, c'est vrai que leurs FAQ sont plus ou moins claires et ? vrai dire je ne suis pas all? chercher des explications dans leurs rapports scientifiques, j'ai plut?t tendance ? n'y rien comprendre Sourire
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crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 18:35    Sujet du message: Répondre en citant

Sur la question s?quen?age et traduction:
Le s?quen?age c'est de trouver la s?quence des nucl?otides, Ad?nine, guanine , cytosine et thymine par rapport au g?ne concerner.
La traduction c'est de convertir une cha?ne interm?diaire , l'ARNm , en acide amin?e.
Pour faire gage de ma bonne volont?, je me suis inscrit au projet g@h dans votre ?quipe, puisqu'il m'a de toute fa?on ?t? tr?s difficile de faire la distinction entre les deux.
Sache que speedy n'y est pour rien, j'ai tout simplement mal lu(un peu d?bile crashsound) et mal entendu quant tu disais:"A ce que je sache, on ne cherche pas de biotechnicien mais tu es le bienvenu ici quand m?me."
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Crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 18:51    Sujet du message: Répondre en citant

Au fait, l'?tape de la transformation du brin d'ADN en ARNm s'appelle la transcription. On trouve la traduction dans la cellule, lorsque le brin d'ARNm est export? endehors du noyau et que des triplets de bases (codons) sont reconnus par des ARNt qui associe l'acide amin?e correspondant. La succession des a.a forme une cha?ne de a.a. Comme plusieurs codons peuvent coder pour le m?me a.a, on parle de redondance. La cha?ne de a.a forme une prot?ine. Les a.a ?tant charg?, il va y avoir un repositionnement dans l'espace pour que les cha?nes hydrophobes se trouve ? l'int?rieur et les cha?nes hydrophyles ? l'ext?rieur. C'est de ce r?arrangement qui est un des buts de l'?tude f@h ou g@h !
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crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 18:56    Sujet du message: Répondre en citant

J'suis clair l??
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Crashsound
Invité





MessagePosté le: 10 Mai 2003 19:04    Sujet du message: Répondre en citant

Oups, la question du fondamental ou du concret ... J'avais oubli? (crashsound n'a pas de t?te), c'est vrai ! Ma position est au niveau du concret, pourquoi: parce que la recherche en FRANCE n'a pas assez d'investissement pour supporter des recherches fondamentales! Un entretien d'embauche avec le directeur d'une entreprise "Biovetotest " , m'a appris qu'il avait quitt? son emploie ? l'institut pasteur ? cause du manque de moyens! Donc pour ?tre chercheur aujourd'hui, il faut ?tre am?ricain.
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